El resentimiento de los Boers se transformó en una rebelión en el Transvaal y la primera guerra Anglo-Bóer, conocida como Guerra de la Independencia por los Afrikaaners, estalló en 1880.

Fue una guerra muy corta con la victoria decisiva de los Boers en Majuha Hill a principios de 1881.

La república ganó su independencia bajo el nombre de República de Sudáfrica, siendo elegido como primer presidente Paul Kruger.

Mientras tanto los británicos que había considerado su derrota en Majuba como una aberración, seguían con su empeño de crear una federación entre las colonia de Sudáfrica y las repúblicas Boers.

En 1879 el Zululand cayó bajo el dominio de los británicos. En 1886, se descubrieron yacimientos de oro en Witwatersrand acelerando el proceso de federación y propinando a los Boers otro golpe más.

La población de Johanesburgo en los años 1890 ya alcanzaba a más de 100.000 personas y la República de Sudáfrica se vio invadida por millares de pobladores blancos y negros. La entrada de la población negra era particularmente resentida, pues los Boers pasaban quienes, por otra parte, atravesaban serias dificultades económicas.

La inmensa riqueza que representaban los yacimientos de oro era un elemento irresistible para los británicos.

En 1895 un grupo de renegados dirigidos por un capitán llamado Leander Starr Jameson invadió la República de Sudáfrica regida por los Boers, con la intención de crear un levantamiento en Witwatersrand e instalar un gobierno británico.

El esquema fue un fiasco, pero al presidente Kruger de la República de Sudáfrica, le resultaba obvio que Jameson tenía, al menos, la aprobación tácita del gobierno británico de la Colonia del Cabo.

Viendo que la república estaba en dificultades forjó una alianza con el Estado Libre de Orange, también regentado por Boers.

La situación llegó a un clímax cuando los británicos exigieron el derecho al voto a 60.000 habitantes blancos que vivían en la República de Sudáfrica, los cuales, hasta entonces, no tenían tal derecho.

Kruger no aceptó las demandas de los británicos y exigió el retiro de las tropas británicas acantonadas en la frontera con la República de Sudáfrica.

Cuando los británicos rechazaron tal demanda, Kruger declaró la guerra. Esta vez, sin embargo, los británicos estaban mejor preparados, saliendo victoriosos de la contienda siendo Pretoria el último punto de resistencia, la cual se rindió en 1890 a las tropas británicas.

No obstante, la guerra de guerrillas continuó por dos años más. En esos años un total de 26.000 Boers murieron por enfretamientos, enfermedades o el descuido con que fueron tratados en los campos de concentración.

El 31 de mayo de 1902, una paz superficial se logró mediante el tratado de Vereeniging, mediante el cual los Boers reconocieron la soberanía británica y estos a su vez se comprometieron a reconstruir el país destrozado por los estragos de la guerra.